中国科学院青藏高原研究所（以下简称“青藏高原所”）是中国科学院党组根据国家经济社会发展重大战略需求和国际科学前沿发展趋势，在知识创新工程科技布局和组织结构调整中成立的研究所之一。
2003年3月3日，中国科学院正式任命了青藏高原所的领导班子成员，12月2日，中央机构编制委员会办公室复字〔2003〕165号文件《关于中国科学院青藏高原研究所等单位机构编制的批复》，正式批准了青藏高原所的成立。
青藏高原所实行北京、拉萨和昆明“一所三部”的运行方式。北京部的主要功能是科学实验基地、学术交流基地、国际交流基地和综合协调基地；拉萨部的主要功能是科学观测研究的野外基地、国际合作研究的野外基地、西藏高水平科学实验基地、西藏社会经济发展的服务基地和西藏科学普及和爱国主义教育基地；昆明部的主要功能是青藏高原种质资源保存基地和极端环境下生物的生态适应性及遗传资源研究基地。
青藏高原所成立以来，经历了初期建设、全面提升、卓越发展阶段：
2003年至2009年，在初期建设阶段，青藏高原所组建了一支“站在高原、研究高原”的国际化、高水平研究队伍，先后开展了青藏高原环境变化与地表过程、大陆碰撞与高原隆升、高原生态与生物多样性等方面的科学研究工作，并取得了一批重大成果，对发展我国地球系统科学研究、推动青藏高原区域经济社会发展，起到了重要作用。
2009年至2013年，青藏高原所通过实施“一三五”规划，不断凝练科学目标，优化领域布局，精炼创新队伍，引进杰出人才，完善运行机制、强化国际合作，在论文数量和质量、重大科技奖励、重大项目以及科研经费等方面稳步增长，学术地位显著提高，推动中国青藏高原科学研究能力不断增强，实现研究所的全面提升。
2013年至2017年，青藏高原所通过青藏高原地球科学卓越创新中心建设，进入卓越发展阶段，围绕青藏高原地球系统科学前沿，研究深部圈层和深部-表层相互作用及其远程效应、地表圈层作用过程和机理及其相关重大科学问题，作出了独创的、里程碑式的重大科学成果，发展地球系统科学理论，引领国际青藏高原研究。
目前，青藏高原所处于从卓越发展到跨越发展的新时期，2017年8月19日，席大大总书记专门给第二次青藏高原综合科学考察研究致贺信，指示“聚焦水、生态、人类活动，揭示青藏高原环境变化机理，优化生态安全屏障体系，推动青藏高原可持续发展，推进国家生态文明建设，促进全球生态环境保护”，为青藏科考指明了方向，提供了基本遵循。青藏高原所启动了青藏科考和“泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设”A类战略先导专项等重大任务，必将为守护好世界上最后一方净土、建设美丽的青藏高原服务，为“一带一路”的绿色可持续发展提供科技支撑，为全球生态环境变化研究做出重要贡献。
